Sangat disayangkan dalam usianya yang menginjak lebih dari satu abad, kehadiran Muhammadiyah mendapat penolakan dari kelompok intoleran, bahkan sebagian besar mengaku Muslim. Kehadiran Muhammadiyah di tengah masyarakat Kristen, Katolik di Papua, NTT, Sulawesi Utara, dan sebagainya tidak dipermasalahkan. Kehadiran Muhammadiyah justru banyak mendapat penolakan di sebagian basis umat Islam, sebagaimana di Banyuwangi Jawa Timur dan Bireun Aceh. Aneh tapi nyata, fakta tapi nyaris sulit dipercaya. Kehadiran masjid Muhammadiyah bukan hanya sarana ibadah, lebih lanjut terbukti bisa menjadi pusat muamalah pendidikan, sosial, kesehatan bahkan perekonomian.